Den ekstra temperatursonde på bagsiden af køle-/varmeenheden, ved siden af køle-/varmeribberne, anvendes til at måle den indvendige temperatur i Ferminatoren. Den er med til at afgøre, hvor meget Ferminatoren skal varme/køle samt, hvordan reguleringssløjfen skal se ud. Derudover bliver der også målt på forskellen på mellem de to temperatursensorer for at sikre at temperaturforskellen ikke er for høj.

For at undgå at stresse gæren eller sågar slå den ihjel, er Ferminatoren dimensioneret til at skabe en kontrolleret og tilpasset temperaturjustering. Den ekstra temperatursonde måler også forskellen mellem de to temperatursensorer og sørge for, at det er de helt korrekte og kontrollerede temperaturjusteringer, der fortages. Når Ferminatoren nærmer sig den ønskede temperatur, foretages flere mindre og mere præcise justeringer, så den ønskede temperatur opnås så præcist som muligt.